El 11 de diciembre de 2007  la Sala Penal determinó que el exdictador había ordenado a un militar suplantar a un fiscal a fin de allanar de manera ilegal la casa de Trinidad Becerra, esposa de Vladimiro Montesinos, un siniestro personaje  que  cogobernaba  con Fujimori. Por este delito, Fujimori fue condenado a 6 años de prisión. 

El 7 de abril de 2009 fue condenado a 25 años de prisión por las matanzas de Barrios Altos y La Cantuta, así como también por el secuestro del periodista Gustavo Gorriti y del empresario Samuel Dyer luego del autogolpe ocurrido en 1992.

En  Barrios Altos, el  3 de noviembre de 1991,   15 personas fueron acribilladas. A las víctimas se les confundió  con personas vinculadas al grupo terrorista Sendero Luminoso y fueron  masacradas, incluyendo a un niño de 8 años. Los autores del asesinato múltiple  eran miembros del Grupo Colina, una organización  paramilitar conformado por miembros de las Fuerzas Armadas.

El 18 de julio de 1992, un profesor universitario y nueve estudiantes pertenecientes a la Universidad Nacional de Educación "Enrique Guzmán y Valle" - La Cantuta, ubicada en el distrito de Lurigancho-Chosica, fueron secuestrados y asesinados por el mismo Grupo Colina.

El 21 de febrero de 1993, el Consejo Supremo de Justicia Militar sentenció a 10 miembros de este grupo paramilitar a cumplir condenas de uno y 10 de cárcel. Sin embargo, el Congreso, de mayoría fujimorista, aprobó a una Ley de Amnistía que permitió salir libres a todos.

En 2009, Fujimori admitió  haber entregado 15 millones de dólares a su exasesor Vladimiro Montesinos. El  dinero provenía de los recursos del Estado. Por este hecho fue sentenciado a 7 años y 6 meses de cárcel.

Otra sentencia  de  6 años fue  por el espionaje telefónico a periodistas y políticos  y la compra de Cable Canal Noticias y la línea editorial del diario Expreso. Además, se le adjudicó el delito de cohecho activo por el pago a congresistas tránsfugas en agravio del Estado.

El 8 de enero de 2015 fue sentenciado  a 8 años de prisión por desviar fondos pertenecientes a las Fuerzas Armadas y el Servicio de Inteligencia Nacional (SIN) a fin de otorgar financiamiento a un grupo de diarios para apoyar su reelección en 1995. Sin embargo, el 16 de agosto de 2016, la Sala Permanente de la Corte Suprema decidió absolverlo de la pena impuesta